A la Raiz solo la que te toque actualizar. Una vez actualizada, la borras y mueves a la raiz la que sigue, y así. No debes descomprimir los archivos, deben quedar en la raiz como . zip
Si tu actualizacion actual es la WW-33.0404.1203.86, debes instalar todas esas actualizaciones en ese orden (104, 106... Etc.). Si alguna te tira error, es porque te saltaste una.